Как у Вас происходит захват?
Я так и не понял...

1. "Заряжается" таймер для счётчика измерения длительности, подробности надо уточнить, практически это самое интересное
2. Функция обратного вызова срабатывает после импульса на ножке или по таймеру?, интересно на любую
ножку можно повесить такую функцию ? И на каждую ножку будет нужен свой обработчик ?
Есть ли ограничение на количество ножек, ну кроме корпуса МК?
3. Импульс разбирается на соответствие части пакета с помощью автомата.
4. По результату разбора пакета - автомат обнуляется.
5. Полученный пакет хранится в буфере и забирается по мере необходимости.

Например, в Caustic я не использую захват таймера, а просто по прерыванию от нужной ножки беру время из "системных часов", Точности более чем достаточно, и нет ограничения на выбор ножки для ИК-приемника.

Наверное вы MOE для 1-го таймера забыли включить.

НПротокол обмена предлагаю назвать SSP - Smart Sensor Protocol, собственно. Аббревиатура, вроде, не затасканная.
...

#define NUM_LEDS 2

RGB_t leds[NUM_LEDS];

int main(void)
{

ws2812b_Init();
leds[0].r=100;
leds[0].g=0;
leds[0].b=0;

leds[1].b=100;

while(1)
{
while (!ws2812b_IsReady()); // wait
ws2812b_SendRGB(leds, NUM_LEDS);

}
}